Se qualcuno oggi vuole sapere cosa ho fatto, allora la cosa più importante è stata quella di iniziare a mettere in ordine e trasportare su uno stesso computer due simulazioni, che dovranno continuare nel 2012, quando avrò le nuove ore di calcolo sui supercomputer francesi, quelle del 2011 le ho finite, anche abbondantemente visto che al CINES sono andato al 120%.
Una volta le simulazioni ordinate, ho potuto iniziare ad adattare i primi ed elementari programmi di analisi, ovvero ho aperto i codici fortran90 e li ho modificati, andando a selezionare i gruppi di atomi per i quali volevo calcolare le "funzioni di distribuzioni radiali".
Immagino qui debba aprire una parentesi, per i profani che sono il mio pubblico preferito (tra quei pochi lettori). La funzione di distribuzione radiale è una misura della probabilità di avere un certo tipo di atomo ad una distanza data da un altro atomo. Per essere chiari, se io mi siedo sopra un atomo e radialmente inizio a vedere se c'è o no un atomo di un tipo X (ossigeno, idrogeno, carbonio, per dire), facendo questo su un insieme di strutture ottenute da una dinamica, allora avrò la probabilità di trovare questo atomo ad una certa distanza da quello su cui mi sono seduto. Una specie di istogramma ma che nella teoria dei liquidi (o più in generale per la materia molle) è opportunamente normalizzato in modo da rappresentare la termodinamica del sistema. Un esempio è riportato in figura, per capire di cosa si tratta e cosa in pratica sputano fuori questi programmi.
Così mi sono potuto divertire a fare girare il programma sulle varie simulazioni e ho potuto iniziare a confrontare le proprietà geometriche ottenute dalla dinamica dei miei due soluti in acqua (nulla di rilevante, dei complessi metallo-ligando) con quelle calcolate dal mio collega nel vuoto.
Ovviamente sono preliminari, perché devo far girare ancora a lungo le simulazioni per avere quello che si chiama un ensemble statisticamente significativo, ma intanto l'armamentario è pronto.
Nessun commento:
Posta un commento